在选择论文查重系统时，首先要考虑系统的安全性。一个安全的论文查重系统应该具备数据加密传输、严格的权限管理、数据备份与恢复机制等功能。其次，要选择知名度高、口碑好的系统，避免选择一些不明来源的系统，以免泄露学术数据。另外，定期更新系统也是保障学术数据安全的重要措施，及时修复系统漏洞，保障数据不被非法获取。

除了系统本身的安全性，用户在使用论文查重系统时也需要注意保护个人信息和学术数据的安全。在上传论文前，应该先了解系统的隐私政策，确认系统不会滥用用户数据。此外，不要在公共网络环境下使用论文查重系统，避免信息被窃取。在使用完毕后，及时退出账号，清除浏览记录，有效保护个人隐私和学术数据安全。